יונתן נולד ב-1933 במרחביה. מגיל שלוש גדל בקריית חיים. בגיל ארבע עשרה התוודע לראשונה לריקודי עם, באמצעות תלמידה של ירדנה כהן.      כחבר בתנועת "הנוער העובד והלומד", רקד בלהקה. במקביל רקד בלהקת בית הספר התיכון בקריית חיים איתה השתתף בכנס הריקודים השלישי ב"דליה". בהיותו בצבא הקבע, רקד בלהקה המרכזית של ההסתדרות, בהדרכתו של יונתן כרמון. בשנת 1958 נסע עם להקת כרמון הראשונה לסיור בארצות הברית.      במשך עשרים וחמש שנים ניהל את המדור לפולקלור בעיריית חיפה; במסגרת זו גם הדריך את להקת הסטודנטים של חיפה ויצר למענה ריקודי במה. להקה זו ייצגה את ישראל בפסטיבלים בארץ וברחבי העולם, זכתה להצלחה רבה ואףקיבלה פרס ראשון בדיז'ון.      יונתן הקדיש רבות ממרצו וזמנו להפקת אירועים: כנסי דליה לצדה של שולמית בן דורי, כנסי צמח,  ופסטיבל כרמיאל. במשך שנים היה מנהל אמנותי של הפסטיבל הבינלאומי בחיפה וסייע לשלום חרמון במצעדי המחולות בחיפה שהתקיימו בימי העצמאות. עם פרישתו של שלום ניהל יונתן באופן עצמאי את מצעדי המחולות.      שנים רבות ריכז יונתן גבאי את האולפן להכשרת מדריכים לריקודי עם בחיפה, ותרם לכלל אולפנים והשתלמויות בתחום ההדרכה והיצירה. כמו כן, היה שותף פעיל בכל הפעילויות של המדור לריקודי עם בהסתדרות. יונתן יצר ריקודי עם שזכו לפרסום בינלאומי. הריקודים נלמדים בקלות ו"שומרים" על מבנה פשוט ונעים. הוא מפיץ את הריקודים הוותיקים ומלמד את ריקודיו  של יונתן כרמון בהשתלמויות בארץ ובעולם.      יונתן מצטיין בכושר הדרכה ייחודי, בהנחלת ריקודי העם הבסיסיים במסגרת האולפנים ומחוצה להם, הוא תורם רבות לשימור היסודות של התנועה לריקודי עם.